Να υποθέσω ότι έχεις windows 7;
Κάνεις boot από το cd και επιλέγεις να κάνεις fresh install, χωρίς να κάνεις φορμάτ στον σκληρό όμως. Κατ' αυτόν τον τρόπο, όλα τα αρχεία του προηγούμενου installation θα αποθηκευτούν σε ένα φάκελο με όνομα "windows old" ή κάπως έτσι. Προσοχή όμως διότι είναι πολύ πιθανόν κάποια από τα παλιά σου αρχεία να είναι μολυσμένα.
Το καλύτερο που έχεις να κάνεις είναι, να αντιγράψεις ότι χρειάζεσαι από το παλιό installation (αφού κάνεις ένα full antivirus scan) και μετά να το ξεφορτωθείς. Προσοχή, ο φάκελος windows old δε σβήνεται από τον windows explorer με την κλασσική μέθοδο (δεξί κλικ, delete), αλλά από το disk cleanup > system files.
Για μελλοντικά προβλήματα με trojans κλπ. προτείνω πριν από οτιδήποτε, καθάρισμα των temporary files του browser και απενεργοποίηση του system restore. Κατόπιν boot σε safe mode και full system scan. Αν το σύστημα παραμείνει μολυσμένο, τότε πάμε σε εκ νέου εγκατάσταση ή φορμάτ. Δε συνιστώ repair διότι κάποια αρχεία μπορεί να έχουν παραμείνει μολυσμένα.